作為一項(xiàng)有可能“改變?nèi)祟惷\(yùn)”的技術(shù),基因測(cè)序經(jīng)過數(shù)十年的發(fā)展,在技術(shù)研發(fā)、基礎(chǔ)研究和臨床實(shí)踐上得到了廣泛的應(yīng)用。
不久前,希望組在Github上線了三代測(cè)序數(shù)據(jù)高效糾錯(cuò)、組裝軟件NextDenovo最新版本V2.0-beta.1,面向全球范圍開源并為學(xué)術(shù)研究和其它非商業(yè)用途免費(fèi)開放。據(jù)悉,本次希望組發(fā)布的NextDenovo最新版除了有效解決現(xiàn)有三代測(cè)序數(shù)據(jù)運(yùn)行時(shí)間長(zhǎng)、組裝質(zhì)量不穩(wěn)定、組裝工具資源占用大的瓶頸,同時(shí)還實(shí)現(xiàn)了超大型基因組組裝和單Contig一條染色體的突破,為利用三代數(shù)據(jù)組裝基因組掃清了組裝算法的障礙。目前華為云基因容器已經(jīng)率先集成了NextDenovo最新版,既簡(jiǎn)化了使用流程,同時(shí)也免除了應(yīng)用維護(hù)、后續(xù)資源的煩惱。
基因測(cè)序?qū)γ芗?jì)算和海量數(shù)據(jù)處理能力有較高的要求,同時(shí)也給基因測(cè)序企業(yè)帶來了存儲(chǔ)能力、算力等IT資源的壓力。對(duì)此,華為云早在2018年,全球首家推出了以Kubernetes為基礎(chǔ)的基因容器服務(wù)GCS,將容器技術(shù)與基因測(cè)序完美地結(jié)合在了一起。據(jù)悉,基因容器服務(wù)GCS是華為云在Kubernetes封裝了一層關(guān)于基因測(cè)序的抽象,可幫助基因行業(yè)的用戶提高資源利用率,降低環(huán)境搭建的復(fù)雜性,輕松應(yīng)對(duì)波峰波谷。華為云的基因容器解決方案具有“快、省、易、捷”的特點(diǎn),可解決基因行業(yè)普遍存在的開發(fā)語言多樣、系統(tǒng)維護(hù)困難、工具碎片化等問題。
基于輕量級(jí)的容器技術(shù),GCS結(jié)合了深度學(xué)習(xí)算法、大數(shù)據(jù),為測(cè)序廠商提供了秒級(jí)可伸縮的高可靠資源、便捷一站式用戶體驗(yàn)和靈活可定制的測(cè)序流程,結(jié)合希望組在基因行業(yè)內(nèi)多年來的業(yè)務(wù)積累,讓基因測(cè)序數(shù)據(jù)的計(jì)算更快、更省、更輕松,解決用戶需求。
據(jù)了解,除希望組外,國(guó)內(nèi)基因行業(yè)Top 15的企業(yè)中,14家選擇了和華為云合作。其中,上海其明信息技術(shù)有限公司在華為云容器CCI的支持下,完成了25萬例基因數(shù)據(jù)分析和挖掘,協(xié)作作出1萬多次基于基因信息的臨床決策。依托華為云CCI等技術(shù),上海其明實(shí)現(xiàn)了K8S和物理資源免運(yùn)維,其實(shí)際計(jì)算成本降低了30%-50%。
不僅如此,金域醫(yī)學(xué)病理專家團(tuán)隊(duì)與華為云AI團(tuán)隊(duì)合作,在AI輔助病理診斷應(yīng)用開發(fā)方面取得過突破性進(jìn)展,二者打造的AI輔助宮頸癌篩查模型在排陰率高于60%的基礎(chǔ)上,陽性病變的檢出率超過99.9%,同時(shí)陰性片判讀的正確率高于99%,是目前國(guó)際上已公布的AI輔助宮頸癌篩查的最高水平。
華為云與基因行業(yè)的跨界結(jié)合,將很好的解決基因行業(yè)所面臨的問題,對(duì)推動(dòng)基因企業(yè)的業(yè)務(wù)帶來了積極的作用。接下來,華為云還將充分發(fā)揮自身在5G、云計(jì)算和人工智能方面的優(yōu)勢(shì),為基因測(cè)序等科學(xué)技術(shù)領(lǐng)域作出更多的貢獻(xiàn)。
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